A presença humana no território de Santo Isidoro precede à época medieval. Vestígios arqueológicos como troços de estradas e pontes, que se creem parte de uma via romana, ou como moedas e artefatos, sugerem que esta área foi um centro de atividade agrícola e de circulação já durante a romanização da Península Ibérica.

    Localizada entre os cursos de água do rio do Safarujo e do rio do Cuco, esta região foi desde cedo ocupada por extensas propriedades agrícolas e quintas, algumas das quais com referências documentais que remontam ao final da Idade Média.

    No litoral da freguesia, a presença militar também fez sentir a sua influência quando, no século XVII, durante a Guerra da Restauração, foi construído o Forte de Santa Susana para defesa contra invasões e pirataria. Mais tarde, no início do século XIX, este forte integraria o sistema defensivo das Linhas de Torres Vedras durante as Guerras Peninsulares, tendo servido como ponto de vigilância e defesa contra a terceira invasão francesa.

    O culto religioso desempenhou um papel central na vida comunitária, e a própria freguesia deve o seu nome ao santo padroeiro Santo Isidoro. A Igreja Paroquial de Santo Isidoro, pela sua importância espiritual e arquitetónica, tornou-se desde cedo um ponto de convergência da comunidade. Embora seja difícil datar com precisão a sua fundação inicial, estudiosos e inventários patrimoniais apontam para uma estrutura que combina elementos manuelinos, maneiristas e barrocos, reflexo das várias fases de construção e remodelação entre os séculos XVI e XVIII. A fachada, marcada por um alpendre com um relógio de sol datado de 1738 e interior revestido de azulejos do século XVII, testemunha o cuidado e a importância que a comunidade continuou a investir no templo ao longo dos tempos.

    Ainda hoje as festas religiosas continuam a desempenhar um papel vivo no calendário cultural da freguesia, mantendo tradições que atravessam gerações. Como por exemplo, na Festa dos Merendeiros, realizada tradicionalmente no Domingo de Pascoela, ainda se cultiva a tradição de que os habitantes distribuem o pão, o “merendeiro”, a quem se encontra dentro do recinto da igreja, em nome da saúde da população e abundância de colheitas. Ainda sobre esta festa escreveram: “(…) contam as gentes que um dia (…), o trigo morria nos campos, à míngua das chuvas que o céu se não decidia enviar. Desesperados, os aldeões procuravam a ajuda do seu orago, prometendo-lhe (…) que, se o maravilhoso dourado das espigas coltasse (…), fariam uma festa de arromba (…). Aditando a promessa levaram a imagem do Santo, em procissão por toda a localidade (…). A verdade é que mal o piedoso cortejo devolvia a imagem do Santo ao seu retiro, as primeiras chuvas ensopavam a terra. A colheita desse ano seria tão grande que as arcas se encheram, as mesas se cobriram (…). E tanto era a Festa não foi esquecida. Abril, ao quarto dia, tornou-se data de festejos em Santo Isidoro.” Beirão, Inácio, Freguesia de Santo Isidoro, in “O Carrilhão”, nº. 130 (1 de Janeiro de 1985), p.9, Mafra.